Rで統計(メモ)

難しいことはわからないけど、とにかくRでやってみようというページ

ピアソンの積立相関係数(ベイズ推定)

相関分析

データの格納

score_1<-SNFC_1$btheta
score_2<-SNFC_1$kakusan
score<-scale(cbind(score_1,score_2))
ni<-1317
nt<-2
data<-list(y=score,ni=ni,nt=nt)
par<-c("phi")
war<-1000
ite<-21000
see<-1234
dig<-3
cha<-5

ピアソンの積率相関

cor(score_1,score_2)

ピアソンの積率相関 ver.ベイズ

stanコード格納
corstan <- '
data{
	int ni;
	int nt;
	matrix[ni,nt] y;
}
parameters{
	vector[2] mu;
	corr_matrix[2] phi;
}
model{
	for(i in 1:ni){
		y[i]~multi_normal(mu,phi);
	}
}
'
MCMC実行
fit_valid<-stan(model_code=corstan,data=data,pars=par,verbose=F,seed=see,chains=cha,warmup=war,iter=ite)
print(fit_valid,pars=par,digits_summary=dig)

このstanコードは豊田(2017)を引用